Projekt 1065 gaat over de 13-jarige Michael O'Shaunessy. Hij is Iers maar woont met zijn ouders in Berlijn. Net als de rest van zijn klas is Michael lid van de Hitlerjugend. Maar niemand weet dat hij en zijn ouders in werkelijkheid spionnen zijn. Met zijn fotografische geheugen is Michael een belangrijk onderdeel van de Ierse missie. Ook al is Michael tegen alles waar de Nazi's voor staan, toch doet hij mee met de activiteiten van de Hitlerjugend. Hij moet mengen met zijn groepsgenoten en zijn identiteit koste wat kost geheimhouden. Als een van de jongens uit zijn groep hem in vertrouwen neemt over Projekt 1065, een belangrijke geheime missie die de hele loop van de oorlog kan beïnvloeden, doet hij er alles aan om nog dieper tot de Hitlerjugend door te dringen. Michael moet grote risico's nemen, ook als het ten koste kan gaan van alles - en iedereen - waarvan hij houdt...