Het Huis Lauernesse toont hoe grote historische processen ingrijpen in de levens van gewone mensen. Dat grote proces is hier de opkomst van het protestantisme in de zestiende-eeuwse Nederlanden.
We volgen in de roman een aantal personages van dichtbij. Een van hen is Paul van Mansveld, een jonge man die rondreist om mensen tot het protestantisme (of preciezer: het lutheranisme) te bekeren. Hij heeft succes bij Ottelijne, de kasteelvrouwe van Lauernesse. Haar verloofde Aernoud daarentegen blijft overtuigd katholiek. Het conflict tussen Aernoud en Ottelijne is een van de hoofdlijnen in het boek: gaandeweg ontvouwt zich een drama, waarbij blijkt dat de sterke liefde tussen deze twee mensen het moet afleggen tegen het geweld van de geschiedenis.